به گزارش خبرگزاری صداوسیما، مرحوم صانعی در مکتوبی به تاریخ ۴ شهریور ۱۳۶۹ درباره مرجعیت آیت‌الله خامنه‌ای نوشت: «اجتهاد حضرت آیت‌الله خامنه‌ای مدظله‌العالی ثبوتاً و اثباتاً نیاز به نظر دادن نداشته و ندارد و نه تنها مجتهد مسلم می‌باشد، بلکه فقیه جامع‌الشرائط واجب‌الاتباع است. امید آنکه سایه‌اش بر سر مسلمین مستدام. یوسف صانعی ۴ صفر ۱۴۱۱»
در پی در گذشت آیت الله صانعی، دست نوشته ای از آن مرحوم درباره مرجعیت آیت الله خامنه ای در سال ۶۹ منتشر شد.